Sejarah berdirinya Fakultas Syari’ah dan Hukum Universitas Sains Al-Qur’an (UNSIQ) Jawa Tengah di Wonosobo tidak lepas dari dinamika dan perkembangan IIQ Jawa Tengah di Wonosobo.
Pada awal berdirinya menggunakan nama Fakultas Syari’ah yang berdiri pada tahun 1993/1994 dalam rangka untuk memenuhi tuntutan kebutuhan. masyarakat. Secara kelembagaan berdasarkan ketentuan yang berlaku eksistensi IIQ Jawa Tengah di Wonosobo dituntut untuk memenuhi kualifikasi sebagai Perguruan Tinggi dengan nama Institut yang harus memiliki sekurang-kurangnya tiga fakultas dengan dua prodi untuk masing-masing fakultas.
Sesuai Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 305 Tahun 1993 tentang penyelenggaraan pendidikan, maka Fakultas Syari’ah menyelenggarakan Program Studi Ahwal al-Syakhsiyyah.
Dalam perkembangan berikutnya, Fakultas Syari’ah berdasarkan SK Dirjen Bimbagais Departemen Agama RI Nomor 334/1998 Fakultas Syari’ah/Hukum Islam meningkatkan statusnya menjadi “Diakui” pada program Studi Ahwal al-Syakhsiyyah.
Tuntutan perkembangan mendorong Fakultas Syari’ah untuk menambah program studi. Maka pada tahun 2001, berdasarkan SK Dirjen Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Fakultas Syari’ah membuka program studi baru yaitu program Studi Mu’amalah dengan status diakui. Bersamaan ini pula, pada pertengahan tahun 2001 terjadi perubahandari IIQ menjadi UNSIQ, sebagaimana tertuang dalam SK Dirjen Dikti Departemen Pendidikan Nasional RI Nomor: 87/D/0/2001 tentang ijin penyelenggaraan Universitas Sains Al-Qur’an (UNSIQ). Maka sejak itu, berubah pula nama fakultas fakultas yang ada di dalamnya dan Fakultas Syari’ah berubah menjadi Fakultas Syari’ah/Hukum Islam.
Dalam proses perkembanganya, kemudian pada tahun 2009 dengan SK Dirjen Diktis No : Dj.I/614/2009, mendirikan prodi baru yaitu Ilmu Al Qur’an dan Tafsir (IQT). Setelah itu, pada tahun 2013, dengan SK Dirjen Dikti No : 565/E/O/2013 menambah Program Studi baru yaitu Program Studi Ilmu Hukum. Dengan adanya Program Studi baru nama Fakultas Syari’ah/Hukum Islam berubah menjadi Fakultas Syari’ah dan Hukum (FSH).
Saat ini, Fakultas Syariah dan Hukum telah memiliki kurang lebih 1237 Mahasiswa aktif dan telah meluluskan alumni yang menggeluti berbagai macam profesi seperti, Hakim, Panitera, Advokat, Penghulu, Penyuluh Agama Islam, Manager Bank Syari’ah, Sharia legal and Contract Drafter, Guru, Dosen, Mufasir Al Qur’an, Pentashih Mushaf Al Qur’an, Praktisi Kaligrafi Al Qur’an, Pengajar/Pembimbing Tahfidz Al Qur’an, Peneliti/Konsultan bidang Al Qur’an.